Les différents niveaux d'observation

Chez un organisme à cycle diplobiontique,
il ne sera possible de faire des observations que sur des individus diploïdes ;

Chez un organisme à cycle haplophasique,
au contraire ne sont observables que des cellules ou des spécimens haploïdes ;

Seules les organismes à cycle haplodiplobiontique
permettent l'observation durant l'une ou l'autre phase (haploïde ou diploïde).

Observation à l'état diploïde Lorque l'observation est effectuée en phase diploïde, même si les parents sont de souches pures, on doit attendre au moins deux générations pour interpréter les données en termes de nombre de gènes. En effet, la première génération permet seulement la mise en commun des patrimoines génétiques parentaux, c'est l'occasion de mettre en évidence le phénomène de dominance. Ce n'est qu'à la deuxième génération qu'on pourra voir la ségrégation d'allèles différents d'un même gène et, éventuellement, une recombinaison entre allèles de deux gènes différents. L'étude devra se faire sur un échantillon (nombre d'individus) suffisamment important pour que toutes les associations de gamètes théoriquement possibles aient lieu. Pour peu que les parents ne soient pas de souches pures, il sera plus difficile de comprendre ce qui se passe. Un organisme diploïde bien particulier est l'espèce humaine : une des difficultés de la génétique humaine, qui en fait aussi l'intérêt, repose sur le fait qu'on ne peut pas diriger les croisements ni multiplier le nombre de descendants d'un même couple, ou de couples génétiquement équivalents, comme avec d'autres organismes. On est alors amené à étudier des généalogies familiales.

Observation à l'état haploïde Chez les haploïdes, l'observation se fait sur les produits de la méiose ou leurs descendants directs. Pour chaque gène, un seul allèle étant présent dans chacune de ces cellules, on peut voir dès la première génération comment ségrègent et recombinent les caractères et donc les allèles des différents gènes en cause dans le croisement. Par contre, il n'est pas question d'estimer les relations de dominance entre allèles puisque cela nécessite que deux allèles soient présents dans une même cellule. En particulier, avec certains organismes haploïdes, qui présentent la particularité que les produits de la méiose d'une cellule sont alignés dans un même réceptacle, on peut obtenir facilement des indications sur la place d'un gène par rapport au centromère du chromosome qui le porte, ce qui n'est pas possible chez un organisme diploïde.

Les organismes à cycle haplodiplophasique comme la levure présentent un intérêt exceptionnel puisque l'observation des caractères peut se faire aussi bien en phase haploïde qu'en phase diploïde. Il est alors possible de décrire les gamètes en termes de phénotype, puis, sur la base du phénotype des cellules diploïdes (génétiquement équivalentes au zygote), de déterminer  quels sont les allèles dominant et récessif de chaque gène en cause, et ensuite après la méiose de ces cellules diploïde produisant des cellules haploïdes observables, on peut connaître facilement le nombre de gènes par lesquels diffèrent les souches étudiées, et établir si les gènes en cause sont génétiquement liés ou non.