Le gène est défini comme l'unité d'information génétique permettant de réaliser une fonction élémentaire de la cellule, on parle aussi d'unité de fonction.
Lorsque l'on possède plusieurs souches mutantes pour le même caractère et présentant le même phénotype mutant, le généticien se demande si ces souches sont mutées pour un gène commun ou pour des gènes différents.
En réalité, il cherche à établir, pour un caractère donné, combien de fonctions (c'est-à-dire combien de gènes), lorsqu'elles sont altérées, conduisent au phénotype mutant. En analysant de nombreux mutants d'origine différente, il peut ainsi déterminer le nombre de gènes non mutés (unités de fonction) nécessaires à la réalisation du caractère étudié (comme par exemple la chaîne de biosynthèse d'un métabolite nécessaire à la croissance d'un champignon).
Le généticien va donc classer les mutants selon qu'ils sont mutés pour le même gène ou pour des gènes différents. Ceux dont la mutation affecte le même gène appartiennent à un même groupe, tandis que ceux dont la mutation affecte des gènes différents appartiennent à des groupes différents. Le nombre de groupes différents déterminera donc le nombre de gènes non mutés nécessaires à la réalisation du caractère étudié. Ce nombre dépend en particulier du nombre de souches mutantes obtenues.
Pour ce faire, il va utiliser un test appelé test de complémentation fonctionnelle.
Ce test ne donne aucune information sur la liaison ou l'indépendance génétique des mutations étudiées, sauf dans le cas où celles-ci affectent un même gène. Pour accéder à cette information, il faut utiliser un test de recombinaison qui permet, en cas de liaison génétique, de calculer une distance génétique