L'amylopectine est une version ramifiée de l'amylose.
Comme l'amylose, l'amylopectine est un a(14)-glucane, mais des ramifications sont attachées via des liaisons glucosidiques a(16) à des chaînes linéaires de résidus glucopyranosyles liés en a(14). Ces ramifications interviennent en moyenne tous les 20-25 résidus sur une chaîne principale, et elles contiennent environ 15-30 résidus liés en a(1->4). Certaines ramifications sont elles-mêmes ramifiées. Les molécules d'amylopectine isolées des cellules végétales contiennent en moyenne 2000 unités de glucose (DP = 2000) mais certaines peuvent en contenir jusqu'à 6000. La molécule dans son ensemble présente un aspect arborescent.
Structure de l'amylopectine
A - Représentation conformationnelle
B - Schéma d'une molécule. L'unique extrémité réductrice est figurée par un cercle rouge. La chaîne principale est représentée en vert et les ramifications en orange.
La structure tridimensionnelle de l'amylopectine dans les grains d'amidon n'est pas encore connue.
Des modélisations réalisées sur ordinateur suggèrent l'existence d'une structure hélicoïdale à enroulement sénestre, voisine de celle de l'amylose et typique des a(14)-glucanes. Conformément à ce que l'on sait de la liberté conformationnelle permise par les liaisons glycosidiques 16 (2A - 3 - Diversité de formes des oligosaccharides), les points de branchement ne semblent pas s'opposer à l'enroulement hélicoïdal des chaînes. La coloration rouge-violet de l'amylopectine par l'iode (en contraste avec la coloration bleu-noir de l'amylose) confirme l'existence de segments d'hélices beaucoup plus courts.
Modélisation de l'amylopectine par ordinateur
La structure modélisée correspond à un point de branchement entre une chaîne de 6 résidus (1 à 6) et une chaîne de 4 résidus (1' à 4'). En tenant compte des règles de calcul en usage pour la modélisation de telles structures, l'ordinateur fait clairement apparaître un enroulement hélicoïdal sénestre aussi bien pour la chaîne de 4 résidus (point de vue A) que pour la chaîne de 6 résidus (point de vue B)
Dans le grain d'amidon, l'amylopectine forme des tablettes noyées dans la masse d'amylose. Dans chaque tablette, les molécules d'amylopectine sont parallèles les unes aux autres, toutes orientées de la même manière, avec leurs extrémités réductrices dirigées vers le centre du grain. Dans chaque tablette, il est probable que des petits segments d'hélices doubles se forment entre molécules voisines.
Modèle de tablette d'amylopectine
Dans chaque tablette, les molécules d'amylopectine sont empaquetées parallèlement les unes aux autres, leurs extrémités réductrices (cercles rouges) dirigés vers le centre du grain d'amidon. Des hélices doubles pourraient se former entre segments voisins. .
4)-glucane, mais des ramifications sont attachées via des liaisons glucosidiques a(1